Trên diện tích còn lại, tôm bị chết do môi trường nước ô nhiễm. Theo tính toán của các chuyên gia, chỉ tính mức thất thu thấp nhất là 75 triệu đồng mỗi ha (tương đương 500 kg/ha được nuôi theo hình thức quảng canh cải tiến, giá bán xô 150.000 đồng/kg), thì tổng mức thất thu năm 2012 gần 6.000 tỷ đồng.

Kết quả phân tích chất lượng nước của cơ quan khoa học tại những khu vực tôm chết cho thấy, nước tại các ao nuôi bị thiệt hại có hàm lượng của thuốc bảo vệ thực vật Cypermethrin, Deltamethrin là chất gây hoại tử gan, tụy ở tôm. Các chất này có thể từ kênh rạch vào ao, hoặc có trong chất diệt cá tạp do người nuôi sử dụng. Đây là một trong những nguyên nhân làm tôm ngộ độc. 

Tôm bị chết nhiều trong thời gian từ tháng 5 đến tháng 9 và tập trung tại các tỉnh Trà Vinh Sóc Trăng, Bạc Liêu, Cà Mau, và Kiên Giang. Trong đó có 30.000 ha tôm chết bởi hội chứng hoại tử gan tụy cấp tính, trên 40.000 ha bị thiệt hại do các loại bệnh khác. 


Sự bùng phát dịch bệnh trên tôm nuôi từ năm 2011 kéo dài đến tận vụ nuôi 2012, đã khiến người nuôi tôm gần như không còn đường đến với nguồn vốn ngân hàng. Hiện nhiều người nuôi tôm lỗ nặng, lâm vào cảnh nợ nần và buộc phải treo ao. Nếu không có sự hỗ trợ của Nhà nước, ngành Tôm sẽ không thể vực dậy được. 

Ngoài ra, tôm chết còn do người nuôi không tuân thủ lịch thời vụ, chưa tuân thủ quy định về quản lý môi trường (xả nước thải, bùn, tôm chết từ ao nuôi nhiễm bệnh ra môi trường), chất lượng con giống kém, quản lý sản xuất, kinh doanh thức ăn thuỷ sản, hoá chất,  thuoc thu y  chưa chặt chẽ, hạ tầng phục vụ nuôi tôm chưa đồng bộ. 

Một hệ lụy đi kèm của việc dịch bệnh làm tôm chết là các doanh nghiệp chế biến xuất khẩu thiếu nguyên liệu, phải treo nhà máy hoặc hoạt động cầm chừng, khiến công nhân thất nghiệp.

Theo nhiều hộ nuôi tôm phản ánh, sau khi chứng kiến một vụ tôm thất bại của bà con, các ngân hàng đã không tiếp tục cho người nuôi vay vốn. Chưa hết, ngay cả các đại lý cũng không còn bao tiêu thức ăn; người nuôi tôm phải chạy đôn chạy đáo, vay mượn khắp nơi, hòng kiếm chút tiền thả nuôi lại vụ mới để gỡ gạc.

Thống kê sơ bộ, có khoảng 30.000 ha tôm nuôi bị  thiệt hại do dịch bệnh. Với khoảng 30 triệu đồng/ha tiền con giống, thì người nuôi tôm đang cần hỗ trợ ít nhất 900 tỷ đồng để đầu tư tái thả nuôi vụ mới.

Nhằm hạn chế đến mức thấp nhất tình trạng nêu trên, mới đây Bộ NN&PTNT chỉ đạo ngành Thuỷ sản các tỉnh ven biển ĐBSCL củng cố hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi thủy sản, tăng cường kiểm soát chất thải, kiểm tra, siết chặt việc quản lý, kiểm soát con giống, hạn chế đến mức thấp nhất tình trạng đưa tôm giống kém chất lượng vào nuôi; chuyển một phần diện tích nuôi công nghiệp sang nuôi bán thâm canh, hoặc quảng canh cải tiến tại những nơi nuôi tập trung nhưng không đủ nguồn nước sạch. 

Vấn đề quản lý thuoc thu y, một lĩnh vực còn mới mẻ của ngành, qua hơn 10 năm hoạt động đã đạt được nhiều tiến bộ. Các văn bản hướng dẫn về quản lý sản xuất, kinh doanh, xuất nhập khẩu nhằm bảo đảm thuoc thu y đạt ba tiêu chí: chất lượng, an toàn và hiệu lực đã phục vụ đắc lực và kịp thời cho công tác phòng, chống dịch bệnh và bảo đảm ATVSTP. Đến nay, cả nước đã có hơn 100 nhà sản xuất thuoc thu y với hơn 5.000 sản phẩm, đáp ứng hơn 80% nhu cầu thuốc phòng trị bệnh gia súc, gia cầm và thủy sản, giải quyết công ăn việc làm cho hàng nghìn người lao động. Cả nước đã có chín doanh nghiệp được cấp chứng chỉ GMP trong sản xuất thuoc thu y, tiếp theo đó là hai doanh nghiệp đang xây dựng nhà máy mới cũng theo tiêu chuẩn này và sáu doanh nghiệp nữa cũng đang có nhu cầu cải tạo, nâng cấp cơ sở sản xuất theo GMP. Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn ISO 9001-2000 đã được áp dụng ở 18 nhà máy. Nhiều nhà máy đang phấn đấu đạt cả ba tiêu chí: GMP ( thực hành sản xuất tốt), GLP (thực hành kiểm nghiệm tốt), GSP (thực hành bảo quản tốt) đáp ứng yêu cầu hội nhập quốc tế. Ngoài ra, còn có gần 200 nhà sản xuất của 35 quốc gia đăng ký lưu hành gần 1.800 sản phẩm thuoc thu y tại Việt Nam. Mạng lưới kinh doanh thuoc thu y cũng phát triển rộng khắp trên 63 tỉnh, thành phố trong cả nước, đáp ứng kịp thời thuốc phòng trị bệnh động vật phục vụ chăn nuôi.

Theo Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP), do thiếu nguyên liệu và chi phí sản xuất đắt đỏ nên số lượng doanh nghiệp thủy sản ngừng hoạt động xuất khẩu lên đến 40%, với 330 doanh nghiệp, trong đó ngành Tôm chiếm khoảng 1/3.
 

Tại hội thảo “Xúc tiến đầu tư trong lĩnh vực thủy sản vùng ĐBSCL” tổ chức tại Cần Thơ mới đây, các nhà khoa học cho rằng, để vực dậy ngành Tôm ở ĐBSCL, tất cả các địa phương cần nỗ lực trong việc quy hoạch lại vùng thủy lợi phục vụ cho nuôi tôm. Cần tăng cường công tác kiểm tra, giám sát tình hình nuôi tôm để có những biện pháp khắc phục kịp thời, hỗ trợ người nuôi và doanh nghiệp từ khâu sản xuất, chế biến và tiêu thụ tôm…

Các tỉnh vận động người nuôi không sử dụng chất diệt cá tạp bằng hóa chất cấm hoặc có nguồn gốc thuốc bảo vệ thực vật để xử lý môi trường ao nuôi, (trước hết là chất Cypermethrin và Deltamethrin) vì đây là những chất độc gây chết tôm, không tan trong nước, không phân hủy bởi ánh sáng mặt trời.